Diawali dengan adanya Musyawarah Daerah Muhammadiyah Kebumen yang mengamanatkan berdirinya Perguruan Tinggi Muhammadiyah di Kebumen sebagai usaha tambahan Amal Usaha Muhammadiyah di bidang pendidikan dengan tujuan untuk memajukan daerah Kebumen khususnya dan Jawa Tengah pada umumnya, maka dibentuk Panitia Pendirian yang terbentuk pada tangal 8 April 2001 M. Pada saat itu pula diusulkan didirikannya Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Muhammadiyah Kebumen. Pada saat itu pula dibentuk tim kecil untuk membuat Bahan Kajian Pendirian STIE Muhammadiyah Kebumen, yang diolah oleh aktivis-aktivis Muhammadiyah yang memiliki berbagai disiplin ilmu antara lain Ir. H. M. Yahya Fuad, SE, sebagai Ketua beranggotakan Drs. H.M. Sutardjo Na, dan Supriyanto S.Sos. Setelah itu dikirimkan Berkas Pendirian STIE Muhammadiyah Kebumen kepada Menteri Pendidikan Nasional dan diadakan sosialisasi pendirian STIE Muhammadiyah Kebumen oleh tim dengan mengadakan audensi dan mengundang Prof Dr. H. Zamroni (Ketua Diktilitbang PP Muhammadiyah), Drs. H.A. Dahlan Rais., M. Hum (Ketua PWM Jawa Tengah), Drs. Masman Anggara (Ketua STIE SBI Yogyakarta). Setelah itu terbit surat yang menyatakan usulan program dinyatakan gagal dan disarankan mengusulkan program studi lain. Karena dinyatakan gagal dalam pembentukan STIE Muhammadiyah atas saran Direktur Pembinaan Akademik dan Kemahasiswaan Drs. Suprodjo Pusposutardjo supaya membuat Bahan Kajian untuk Pendirian Perguruan Tinggi dengan basis teknik, maka tim membuat tim perumus kecil dan menambah anggota Sdr. Aris Susetyo dan Sdr. Fakhrudin Mubarok, SP untuk membuat draft proposal pendirian Sekolah Tinggi Teknologi Muhammadiyah Kebumen.
Melalui perjalanan panjang dan melelahkan akhirnya pada tanggal 13 Maret 2003 terbit Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No: 26/D/0/2003 Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kebumen diijinkan untuk mengadakan Pembukaan Program-Program Studi dan Pendirian STTM Kebumen.
Pada kurun waktu tahun 2003 - 2007 kegiatan perkuliahan STT Muhammadiyah Kebumen berada di Jl. Anggrek no. 26 Gombong. Selanjutnya sejak 21 April 2008 sampai dengan 7 Juli 2011 STT Muhammadiyah Kebumen bersinergi dengan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Muhammadiyah Gombong. Dan sejak 8 Juli 2011 hingga Desember 2012 STT Muhammadiyah Kebumen menempati lokasi Jl. Pahlawan 188 Mertokondo, Kebumen. Pada tanggal 18 Juli 2011 STT Muhammadiyah Kebumen mulai menempati bangunan secara mandiri yang berlokasi di Jl. Pahlawan 188 Mertokondo Kebumen untuk meningkatkan kualitas pengembangan kampus, pelayanan, kompetensi, sosialisasi dan meningkatkan kuantitas penjaringan mahasiswa. Bangunan kampus yang berlokasi di Mertokondo dipandang kurang representatif untuk sebuah kampus Teknik, oleh karena itu per 1 Juli 2013 kembali STT Muhammadiyah Kebumen pindah lokasi di jalan Indrakila 38 A bersinergi dengan Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kebumen dan menempati Gedung Dakwah lantai 2.